วัดศรีโคมคำ หรือวัดพระเจ้าตนหลวง เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดสามัญได้สร้างมานานพร้อมกับการสร้างพระเจ้าตนหลวง เมื่อประมาณ พ.ศ.2034 โดยอยู่ในความอุปถัมภ์ของพระเมืองแก้ว เจ้าผู้ครองเมืองเชียงใหม่ และพระยาเมืองตู้ เจ้าผู้ครองเมืองพะเยา ในสมัยนั้นเจ้าอาวาสองค์แรกที่ปรากฎในตำนาน คือ พระธรรมปาล ท่านผู้นี้ได้ทำประโยชน์อันยิ่งใหญ่คือ ได้เขียนตำนานพระเจ้าตนหลวงออกเผยแพร่แก่ประชาชนอยู่ต่อมาอีกประมาณ 404 ปี จุลศักราช 1219 (พ.ศ. 2400) พระกัปปินะ เป็นเจ้าอาวาสอีกครั้งหนึ่ง มีบันทึกหนังสือสมุดข่อยไว้ว่า แสนทักษิณะเยนดวงชะตาพระเจ้าตนหลวง มีพระธรรมปาลเขียนไว้มาให้ท่านได้รับทราบว่าวัดศรีโคมคำเป็นวัดมาแต่โบราณกาล แต่มาในยุคหลังๆ บ้านเมืองตกอยู่ในภาวะสงคราม ทำให้บ้านเมืองอยู่ไม่เป็นปกติสุขต้องอพยพโยกย้ายไปอยู่ตามหัวเมืองที่ปลอดภัยจากข้าศึก ทำให้บ้านเมือง วัดวาอารามรกร้างว่างเปล่าไป ต่อมาภายหลังได้สถาปนาเมืองพะเยาขึ้น บ้านเมืองก็ดี วัดวาอารามก็ดี ก็ได้รบการบูรณะปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ตามลำดับ 
วัดศรีโคมคำได้เริ่มก่อสร้างพระวิหารครั้งหลังสุดเมื่อ พ.ศ. 2465 พระครูศรีวิราชวชิรปัญญา เจ้าคณะแขวงเมืองพะเยา เป็นประธานฝ่ายสงฆ์ ทางฝ่ายบ้านเมืองคือ พระยาประเทศอุดรทิศ เจ้าผู้ครองเมืองพะเยา และหลวงสิทธิประศาสน์ (คลาย บุษบรรณ) นายอำเภอเมืองพะเยา คนแรกร่วมกันไปอาราธนาท่านครูบาศรีวิชัย จากจังหวัดลำพูนมาเป็นประธาน นั่งหนักในการก่อสร้างพระวิหารหลวงและเสนาสนะต่างๆ จำสำเร็จบริบูรณ์ โดยพระครูศรีวิราชวชิรปัญญา ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสวัดศรีโคมคำ เป็นองค์แรก ปัจจุบันพระธรรมวิมลโมลี (ปวง ธมฺมปญฺโญ) ได้ดำรงตกแหน่งเจ้าอาวาส ตั้งแต่วันที่ 25 พฤษภาคม 2511 และพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าพระราชทานยกฐานะขึ้นเป็นพระอารามหลวง เมื่อวันที่ 17 เมษายน 2523
ประวัติพระเจ้าตนหลวง
พระเจ้าตนหลวง เป็นพระพุทธรูปขนาดใหญ่ ขนาดหน้าตักกว้าง 7.50 เมตร สูงตั้งแต่ฐานจนถึงพระโมลี 9.50 เมตร
ประวัติความเป็นมากล่าวว่า เมื่อ พ.ศ.1909 ปีมะเมีย มีพระเถระจากเมืองเชียงแสนเป็นผู้สร้างขึ้น จนบ้านเมืองเกิดศึกสงคราม บ้านแตกสาแหรกขาด วัดก็ได้รกร้างกลายเป็นป่า ขาดผู้ปฏิบัติรักษาจนถูกช้างป่าทำลาย พระเจ้าตนหลวงได้พังทลายลง คงเหลือพระพักตร์และพระวรกายบางส่วน
กาลเวลาล่วงเลยมาจนถึง พ.ศ.2465 ครูบายาสมุทร วัดเหล่ายาว คิดบูรณะก่อสร้างขึ้น แต่ก็ได้มรณภาพลงเสียก่อน จึงเป็นอันล้มเลิกไป
พ.ศ.2467 คณะศรัทธาประชาชนได้อาราธนาพระครูบาศรีวิชัยมาเป็นประธานคิดบูรณะก่อสร้าง แต่ก็ต้องชะงักไปอีก เมื่อเจ้าคณะอำเภอปากบ่อง (ป่าซาง) ขอให้หยุดการก่อสร้าง
พ.ศ.2503 พระครูอินทรัตนคุณ เจ้าอาวาสวัดหล่ายแก้ว มอบให้พระดวงดี พรหมโชโต พร้อมด้วยศรัทธาไปขุดหงายพระพักตร์ เพื่อทำการซ่อมโบกปูน ภายในพระเศียร แล้วทำการอันเชิญย้ายจากที่เดิมไปไว้ทางทิศใต้ฐานพระ แล้วทำการก่อสร้างวิหารชั่วคราว เพื่อรอเวลาชักขึ้นสู่แท่นบูรณะ
พ.ศ.2506 ตรงกับเดือนสิบเหนือ แรม 11 ค่ำ ก็ได้ทำพิธีบรรจุดวงหฤทัย ซึ่งมีพระสงฆ์ และ ประชาชนมาร่วมพิธีกันอย่างคับคั่ง
พระพุทธรูปหน้าอุโบสถวัดศรีโคมคำ
พ.ศ.2506 ตรงกับเดือนสิบเหนือ แรม 11 ค่ำ ก็ได้ทำพิธีบรรจุดวงหฤทัย ซึ่งมีพระสงฆ์ และ ประชาชนมาร่วมพิธีกันอย่างคับคั่ง
พระอุโบสถกลางน้ำ
พระอุโบสถหลังใหม่ของวัดศรีโคมคำ ตั้งอยู่ริมกว๊านพะเยา เป็นศิลปะแบบล้านนาประยุกต์ สร้างขึ้นโดยศรัทธาประชาชน ซึ่งบริษัท มติชนจำกัด ดดยคุณขรรค์ชัย บุนปาน เป็นผู้ประสานงาน คุณนิยม สิทธหาญ มัณฑนากรจากมหาวิทยาลัยศิลปกร และคุณจินดา สหสมร สถาปนิกจากจุฬาลงกรณมหาวิทยาลัยร่วมกันออกแบบ
จิตรกรรมฝาผนัง เขียนโดยคุณอังคาร กัลยาณพงษ์ และคุณภาพตะวัน สุวรรณกูฏ และทีมงาน
จิตรกรรมฝาผนัง เขียนโดยคุณอังคาร กัลยาณพงษ์ และคุณภาพตะวัน สุวรรณกูฏ และทีมงาน
พระพุทธรูปในอุโบสถกลางน้ำวัดศรีโคมคำ
ภาพเขียนจิตรกรรมฝาผนังฝีมือศิลปินแห่งชาติ ลวดลายวิจิตรสวยงาม วาดโดย อาจารย์อังคาร กัลยาณพงศ์ ศิลปินแห่งชาติ
พระพุทธรูปหน้าอุโบสถวัดศรีโคมคำ
เป็นพระพุทธรูปที่ประดิษฐานไว้ให้ประชาชนได้สักการะบูชาจุดเทียนธูปกันที่นี่ สำหรับวัดศรีโคมคำเมื่อเปลี่ยนดอกไม้ธูปเทียนบูชาพระแล้ว จะมีเทียนแบบพิเศษอีก 3 เล่ม แต่ละเล่มเขียนไว้ว่า สืบชะตา สะเดาะเคราะห์ รับโชคลาภ เป็นเทียนเล่มใหญ่ ซึ่งมักจะมีนักท่องเที่ยวนำมาจุดตั้งไว้ที่เชิงเทียน
จุดเทียนสะเดาะที่ประชาชนนำมาจุดตามความเชื่อที่เชิงเทียนหน้าอุโบสถวัดศรีโคมคำ
